善学者,假人之长以补其短

(本文由GeneDock公司 Bioinformatics Engineer MAO 撰写,转载请保留作者信息和原文链接)

基本信息

  • 测试集群 CPU 型号: Intel(R) Xeon(R) CPU E5-4610 v2 @ 2.30GHz
  • bwa 版本:0.7.12-r1039
  • 参考序列:hg19
  • 原始数据:SRX265482

一、小样本测试

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4
$ wc -l read*_1000.fq
1000 read1_1000.fq
1000 read2_1000.fq
2000 total

提取了 1000 行 fastq 数据,一共 250 条 reads 做测试。

1
2
$ samtools view reads_1000.sam | wc -l
501

Mapping 出来的结果是 501 行。

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