善学者,假人之长以补其短

GeneDock(聚道科技)于2017年3月6日正式发布基于云计算的人全基因组标准化分析服务——GeneDock HG。它是一项面向人全基因组大规模分析的服务,主要完成从fastq到vcf的标准化分析,其成本、速度、稳定性和结果准确度均达到了大规模生产服务的标准。GeneDock HG对30X人全基因组数据的分析价格为99元/次,这也是业内首次实现了百元以下的人全基因组标准化分析服务。




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本文总结了生物信息人员在使用BLASTX的一些经验,期待与其他同行交流BLASTX的优化经验。

0 前言

BLAST作为生物信息最重要的局部比对工具,在序列物种注释和基因注释起重要作用。其中BLASTX(将query序列翻译成氨基酸序列和蛋白数据库进行比对)常常作为对核酸序列的基因注释工具。BLASTX先要将DNA序列按照6个读码框翻译成氨基酸序列,从而BLASTX的比对时间和需要计算资源都是比较大的,如何减少运行时间和降低运算成本,成为生信工作人员关心的重要问题之一。另外,本文主要讨论BLASTX工具的优化,其他BLASTX的替代工具,比如DIAMOND等,不在此文的讨论范围。

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(本文由GeneDock 后端研发实习生魏畅撰写。转载请保留作者信息和原文链接)

Docker简介

Docker是什么?

Docker is the world’s leading software containerization platform.

根据Docker的官方解释,Docker是一个世界领先的软件“集装箱化”平台。

那么“集装箱化”又是什么呢?下面这张图可以帮助我们直观地理解这一概念。


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(本文由GeneDock 前端实习生程建华撰写,点击可查看原文。转载请保留作者信息和原文链接)



就在上个礼拜我结束了在北京的前端工程师实习回到了学校,现在正在学校休整中。在实习的这段时间内忙于各种事情也没有再写过一篇博客了,然而一个想成为优秀程序员的我怎么能放弃这样的自我总结机会呢!于是乎现在先写下过去这三个月的暑期实习的感受,从而也让自己清楚一下自己所处的状态。


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(本文由GeneDock 后端数据实习生饶梦南撰写,点击可查看原文。转载请保留作者信息和原文链接)


从公司回来,到明天的毕业图像采集,差不多满满一个月了。



从南昌火车站下车,坐232回到麦庐,再从菊圃路口懒洋洋地走到学校后门,如此熟悉的小路,如此熟悉的灯光,也许后面的日子里,我能重复走过的次数屈指可数了。


本来从北京回来时就想写一些东西,然而一直在折腾Linux环境之类的东西拖到了现在。这一个月里,脑海中频频地回荡着在京城的三个月时光。七月中旬到GeneDock实习,十月中旬返校,这期间经历了许许多多的事情,在学习、在心智、在眼界,都有不小的收获。

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8月16日,CEO李厦戎受邀参加了联想之星Comet Labs的线上微课分享,主题为《DNA遇上云计算:前阿里、前华大的他们为何投身基因数据云服务领域》,以下为分享内容:

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2016云栖大会北京峰会以“DT NEXT”为主题,讨论云计算与大数据技术的应用,跨越国界和技术边界,与DT世界的未来对话。
在专门针对开发者、架构师、以及产品技术管理人员的“Tech Insight” 实战专场上,阿里云和细分领域的顶级技术专家们分享了云计算的前沿技术,包括大数据、存储、数据库、网络安全、视频服务、以及各类垂直行业解决方案等。


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2016年7月24日,“第二届精准医疗与基因测序大会”在北京协和学术会堂成功举办。此次大会由北京协和医院肝脏外科和测序中国主办,中国医学科学院基础医学研究所协办。会议嘉宾汇集了精准医疗与基因测序领域的数十位权威专家,并针对精准医学在疾病及基因大数据分析等领域的研究进展进行了精彩的报告。
聚道科技(GeneDock)受邀参加了本届精准医疗与基因测序大会,我们的Boss李——CEO李厦戎在下午的分会场中进行了题为《面向精准医学的组学数据管理实践》的报告,分享了我们为组学数据管理提供的技术及解决方案。


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