善学者,假人之长以补其短

(本文是根据GeneDock基因数据工程师孙兴强对GATK4 beta版的调研结果整理,转载请保留转载信息和原文作者及链接。)


注: 本文是根据阅读GATK4在GitHub上的说明文档和版本开发记录并加上对该版本软件对生物信息研发和生产的一些体验组成的。GATK4 GitHub的官网内容会有引用标识,其余内容为笔者的理解内容。由于GATK4还在开发中,本文的时效性会受该项目的开发进度影响,请谨慎阅读。

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为贯彻落实科技部实施人类遗传资源采集、收集、买卖、出口、出境等法规政策,加强保护我国人类遗传资源,提高我国生物企业责任感,促进平等互利的国际合作和交流,共同筑起保护我国人类遗传资源防线,GeneDOCK等数十家生物企业共同倡议:

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(本文根据GeneDock产品总监何荣惠在知乎的回答整理而成,转载请保留转载信息和原文作者及链接。)




本文根据GeneDock产品总监何荣惠在知乎的回答整理而成。原问题:to B 的产品经理和 to C 的产品经理有什么差别? to B 的产品经理的价值如何体现?

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(本文由GeneDock公司Senior DevOps Engineer王皓撰写,转载请保留转载信息和原文作者及链接)

写在前面的话

本文共分三篇:运维篇,开发篇,测试篇。分别从三个角度看DevOps究竟是什么,也许“答案在风中飘扬”。同时也邀请你一起为GeneDock的DevOps之路出谋划策。

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(本文由GeneDock公司 Bioinformatics Engineer 武雅蓉撰写,转载请保留作者信息和原文链接)

引子

为了完成主任交代的任务–同时提交成百上千次分析,小F找到了肿瘤科的小W求助。

小F:“小W,上回咱俩交流完,我通过Python SDK已经成功在GeneDock平台提交了任务。我们主任为此还夸奖了我,好激动。可是我们那边样本量很大,经常是成百上千个,如何通过Python SDK批量提交这么多分析任务呢?一个一个地手动修改配置文件好辛苦,还容易出错。”

小W:“这个简单!这种情况的批量提交任务就相当于,按照样本信息把配置文件中的输入项和输出项批量替换,每次替换完配置文件提交一个任务。下面我给你详细说一下具体步骤:”

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5月12日至14日,ACM图灵奖五十年中国大会(ACM TURC 2017)在上海召开。



图灵奖(A.M. Turing Award)由美国计算机协会(ACM)于1966年设立,其名称取自计算机科学的先驱、英国科学家阿兰·麦席森·图灵(Alan Mathison Turing)。图灵奖是计算机界最负盛名、最崇高的一个奖项,被誉为“计算机界的诺贝尔奖”。


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2017年5月15日,GeneDock正式发布人全基因组体细胞突变标准化数据分析服务:GeneDock HGTM Somatic。
HG Somatic 延续了GeneDock HG “多快好省”的特点,适用于成对测序样本标准化数据分析,可快速鉴定体细胞突变(somatic mutations)。这种分析方法常用于肿瘤领域的组学研究。

利用GeneDock HGTM Somatic完成一次常规的成对测序样本数据分析(30X Normal+60X Tumor),分析计算时长约为9小时,仅需299元。

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本文由 GeneDock Genomic Data Engineer 成帆撰写,感谢 GeneDock 基因数据工程师孙兴强,武雅蓉,王玉梅在写作过程中的耐心地审阅和修改,转载请保留作者信息和出处。

小 F 是今年刚进入被誉为“没有疾病隐喻的乐土”的圣芒戈医院工作的一名生信分析师。能有幸为这样高水平的医院工作,小 F 心里美滋滋的。高兴了没两天,主任把小 F 叫去了:“小 F 啊,我听说你之前是专门做微生物二代测序数据分析的?你看,前阵子寨卡病毒传播这么猖獗,病毒的突变又这么厉害,你能不能结合现在大家测的这么多数据搞一个模型,帮我们分析这些疾病传播途径,同时对致病病毒的分子亚型也精确分类,看能不能提前控制疫情?”

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